Il y développe le langage photographique qui rythmera ses images de Tiniteqilaaq, un campement situé à l'est du Groenland, où il a séjourné à l'automne 1999. Pendant les trois années suivantes, il résidera dans ce village, chez sa petite amie groenlandaise Sabine, menant une vie de pêcheur et de chasseur. En 2004, il publie l'ouvrage intitulé Sabine qui raconte sa rencontre avec la jeune femme et leur quotidien. Ce livre a été récompensé par le Deutche Börse Photography Prize en 2005.

À l'été 2005, Jacob Aue Sobol accompagne une équipe de tournage au Guatemala pour réaliser un documentaire sur le premier voyage d'une jeune fille maya à l'océan. L'année suivante, il réside un mois chez les Gomez-Brito et documente leur quotidien. Ce travail lui a valu le premier prix du World Press Photo 2006 dans la série Daily life stories.

Jacob Aue Sobol a rejoint Magnum Photos en 2007 en tant que photographe nominé.
Il est récompensé du 15ème Leica European Publisher's Award for Photography pour son projet Tokyo.